增值税是中央和地方共享的税种，目前增值税采取的是中央和地方的分税制，中央75％，地方25％。它由国税局征收，而对于上缴中央国库的增值税，中央要对地方进行返还。
1994年以后，增值税的税收返还额在1993年基数上逐年递增，递增率按全国增值税和消费税的平均增长率的1∶0.3系数确定，即上述两税全国平均每增长1％，中央财政对地方的税收返还增长0.3％。
“免抵退”的困扰除增值税问题外，地方财政还面临着“免抵退”的困扰。
2002年，中国开始对生产企业全面推行免抵退政策。到去年为止，中央除了欠企业300多亿的出口退税额度之外，还欠地方政府230多亿元的免抵税额清算。
“免抵退是指生产企业在生产过程中可以免除或者抵掉一部分税收，这样就等于企业提前拿到了退税。但是对于地方财政而言，无形中就少了一块应纳的税收，”广东省国税局进出口税收管理处处长陈忠明说：“按照现行的财政体制，中央是通过调库的方式来平衡这部分税收的。”
