根据海关总署发布的《中华人民共和国海关关于境内公路承运海关监管货物的运输企业及其车辆、驾驶员的管理办法》规定，由运输企业向其注册地直属海关提出书面申请，经注册地海关审核同意后，由运输企业向分支机构所在地直属海关申请办理分支机构备案登记手续。